Установить иконку для уже запущенного приложения проще простого:
QApplication::setWindowIcon( QIcon( "myapp.ico" ) );
Но вот беда - в проводнике Windows у исполняемого файла будет стандартная иконка средней паршивости. Исправим это. Для этого надо создать файл myapp.rc следующего содержания:
IDI_ICON1 ICON DISCARDABLE "./myapp.ico"
Затем в проектный файл (.pro) добавляем строчку:
win32: RC_FILE = myapp.rc
Теперь после сборки приложения у исполняемого файла будет красивая иконка.
Данный метод, как легко догадаться, работает только под Windows. Для других платформ также есть свои методы борьбы с указанной проблемой, но о них позже.